Bij pigmentvlekken wordt teveel melanine aangemaakt. Melanine geeft huid en haar kleur, het beschermt de huid tegen UV-stralen en absorbeert de warmte van de zon. Wanneer de huid veelvuldig wordt blootgesteld aan de zon kan schade ontstaan. Dan wordt teveel melanine aangemaakt om de huid te beschermen en ontstaan bruine vlekken. Ook door hormoonschommelingen kunnen pigmentvlekken ontstaan. Zo is het zwangerschapsmasker een voorbeeld van een verhoogde melanine aanmaak en door de anticonceptiepil kunnen eveneens bruine vlekken ontstaan. Pigmentvlekken kunnen ook een reactie zijn op bepaalde medicijnen en op cosmeticaproducten. Na acne kunnen de littekens hiervan bruin verkleuren, evenals littekens van verwondingen.